第1档次高校——国家优先发展大学，共2所：北京大学、清华大学。“985工程”最初只有北大和清华被确认为要建设“世界一流大学”，并且两校分别获得教育部18亿的拨款额度。因此将这2所学校定位为第一档次高校——“国家优先发展大学”。
第2档次高校——国家重点建设大学，共7所：南京大学、复旦大学、浙江大学、哈尔滨工业大学、上海交通大学、中国科技大学、西安交通大学。这7所大学连同北大、清华都是1999年就被确定的首批“985工程”建设高校。
第3档次高校——除前面2个档次高校之外的副部级985工程大学，共23所（前面两个档次的9所高校都是副部级大学，加一起共32所）。所谓副部级大学，就是说他们的校长、书记等高层领导由中央组织部任命而非教育部任命的大学。一般学校介绍时说“中央直管”，就是副部级大学，也称副部级高等学校（简称“副部级高校”）、中央直管高校等。
虽然由于现在高校去行政化的改革，副部级大学已经取消，所以大学校长都没有官阶，这个概念已经是过去式了。但是在中国社会，根深蒂固的观念使得一个单位的行政级别是相当重要的。一所高校的行政级别不仅可以反映该校的的办学实力和水平，而且还可以反映出该院校在中央心目中的地位。同是985工程大学，副部级的高校比正厅级高校实力更强，在国家
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